与常规施肥方法相比，通过灌溉系统施肥有以下优点：
1、提高肥料的利用率。水肥被直接输送到根系土壤，可充分保证养分的有效供给和根系的快速吸收。因水肥溶液在土壤中均匀分布，使得养分分布高度均匀，提高了根系的吸收效率。肥料利用率的提高意味着施肥量的减少，从而节省了肥料。
2、节省施肥劳力，特别对蔬菜和大棚内栽植的作物尤为明显。在果树栽培中，水肥管理耗费大量的人工。如华南的香蕉生产，有些产地的年施肥次数达-5次之多。每次施肥要挖穴或开浅沟，施肥后要灌水。利用设施灌溉施肥后水肥同步管理，可节省大量劳力。
3、灵活、方便、准确地控制施肥数量和时间。根据作物营养规律有针对性施肥，做到缺什么补什么，的需求量增加。可以根据作物的营养特点，拟定各个时期的配方，为作物提供完全营养。根据灌溉的流量和时间，可以准确计算每株树或单位面积所用的肥料数量。
4、施肥及时，养分吸收快速。对于集约化管理的农场或果园，可以在很短时间内完成施肥任务，作物生长速率均匀一致，有利于合理安排田间作业。
5、有利于应用微量元素。金属微量元素通常应用螯合态，价格较贵，而通过微灌系统可以做到精确供应，提高肥料利用率，降低施用成本。
6、改善土壤环境状况。微灌灌水均匀度可达90%以上，克服了畦灌可能造成的土壤板结。微灌可以保持良好的水、气状况，基本不破坏原有的土壤结构。由于土壤蒸发量小，保持土壤湿度的时间长，土壤微生物生长旺盛，有利于土壤养分转化。
7、灌溉施肥中水肥相互作用，发挥水肥的最大效益，显著减少了水的用量。

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